Un anno dopo entra con
tale carica alla corte di Cothen, dove rimane sino al 1723 (passando
dopo la morte di Maria Barbara a seconde nozze con Anna Magdalena nel
1721), e dove ha modo di dedicarsi in particolare alla musica profana
(nascono qui i Sei Concerti brandeburghesi).
Nel 1723 si qualifica
infine in qualità di Cantor e direttore di musica a San Tommaso di
Lipsia.
Qui rimarrà per il
resto dei suoi giorni, non senza spostarsi occasionalmente per
inaugurare nuovi Organi, per far visita ai figli, per tenere concerti, e
nel 1747 per suonare a Potsdam alla presenza di Federico il Grande.
A Lipsia gli impegni
pratici (la scuola, la direzione del coro e dell’orchestra, l’educazione
degli allievi) lo assorbono moltissimo, gli attriti col l’autorità
locale non gli rendono la vita facile, e anche l’ambiente familiare non
è certamente dei migliori.
Eppure Bach trova il
modo di scrivere una nuova cantata per ogni settimana e di concepire
alcune delle sue più colossali creazioni nel campo della musica sacra
(la Grande Messa in si minore e altre quattro messe minori, le Passioni,
l’oratorio di Natale, oltre a una serie di composizioni minori).
Nel 1749 si fa operare agli occhi da un celebre oculista inglese, ma
perde interamente la vista e le sue condizioni generali si aggravano,
tanto che un anno dopo muore di apoplessia, mentre sta per portare a
termine la colossale Arte della fuga.
Di lui resta per tutto
il sec. XVIII un ricordo imponente più come organista che come
compositore (la sua vedova finirà in miseria nella fossa comune).